上回说到西方教两位教主为了兴盛西方教，欲紊乱天数掩盖天机，先于元始天尊下手将第三任人皇收入门下。奈何天数运转，冥冥之中自有天理，却被老子和元始二人看破，随即运转法力查探天机，寻找出下一任人皇。准提闻知此消息甚为遗憾，却被接引道人明悟天机，知晓下一任人皇却是没有天定，自由两者夺之，胜者即为人皇，于是引发了一场人间大战，这是后话且不提。
却说神农氏自伏羲证道传下人皇之位后，为了人族的兴盛，日夜劳累，多番辛苦。人族渐渐大兴，部落里的人口也越来越多，又经神农推广五谷耕种，人族又时常狩猎与山野，是以尚没有出现饥荒之灾。人族之势建大，果然是受天道庇佑，妖族经过第二番劫难分散各地，倒也不会出来霍乱人族。至于巫族，劫难过后自归洪荒西南，见人族之势，多有羡慕，奈何受剩余的几个大巫制辖，不得出来与人族相争。却多有族人不满，巫族长老告于族内留守巫族的大巫风伯与雨伯二人，二人闻言大惊，要说他们乃是上古大巫，自然知晓人族和巫族的因果，也知晓人族兴盛乃是上天所定之事，可是现在族人竟然又生与人相争之心，甚为担忧，只得驾云来到巫族祖巫大殿求见刑天和相柳等人。要说这刑天和相柳等人乃是当年经过巫妖大战的大巫，自劫难过后被玄冥祖巫带着族人来到这里不再过问洪荒之事，忽闻风伯与雨伯求见，两大巫相视一眼甚是奇怪，相见之后听说风伯与雨伯来意之后，即便是刑天这样的大巫也是吓了一跳，要知道如果巫族这么做的话，不说天道惩罚，就是洪荒上那六个圣人肯定会出手的，巫族只有一个圣人平心娘娘，到时候怕是巫族灭亡之际。事关重大，大巫刑天等四人只得驾云前往地府求见玄冥祖巫，告知巫族之事。玄冥祖巫闻言亦是大惊，带着刑天等人来见平心娘娘。
“你们不在巫族，来地府所为何事？！”平心娘娘坐于幽冥殿内，看着地下拜着的四位大巫问道。
“娘娘不知，此来地府乃是事关巫族危亡大事，我等大巫不知如何是好，只得前来地府求见娘娘！”刑天拜伏在地说道。
“何事如此严重？！”平心娘娘闻言甚是奇怪，最近天数紊乱，自己也无法探知天数，见玄冥祖巫带着刑天等人来求见就知晓定是与巫族有关，可是乍听竟然事关巫族危亡，顿时大惊。
“近来人族经人皇治世，兴盛至极，我族内族人心生羡慕，知晓巫族昔日亦是洪荒大陆之大势，所以心生与人相争之意。风伯与雨伯闻之甚为恐慌，是以特来告知我等。可是我等直觉此间必有缘故，特来求教娘娘！”刑天躬身答道。
“人族大兴乃是天道注定的，人族有三皇治世，五帝兴人。此乃是天数，巫族怎的升起与人相争之心？！”平心娘娘奇怪地说道，“难道此间有别人作祟，意欲灭亡巫族？！可是这间因果甚大，前番逍遥前辈曾言巫族尚有大兴一时，应该不会有人敢这般算计。可是巫族兴盛之时亦不在此间啊！”
“难道娘娘也不能知晓期间缘故？！”相柳大惊道。
“最近天数紊乱，天机不明。定是有人施法乱了天数，我虽是圣人可也无法从中查探天数！”平心娘娘叹声说道。
“不若求教与蓬莱逍遥前辈如何？！”玄冥出声问道。
“如此，玄冥且亲去一番！”平心娘娘说道，“我不能出这地府，你乃是巫族祖巫，却是有得缘分前去求教的！”
“既如此，你等在此好生等待！我去去就来！”玄冥闻言吩咐四大巫后便施展法力，往东海飞去。
“大鹏，你且去外面将玄冥祖巫迎将进来！”闭上双眼的吴传道忽然睁开眼睛对着地下装模作样的大鹏鸟说道。
“是，老师！”大鹏鸟应声，接着起身飞出殿外。
“伏羲，你此番疑惑却给老师我惹了一番麻烦！”吴传道看着地下闭幕修炼的伏羲说道，“此番大鹏心生魔障，日后怕是要阻拦佛法东传的！”
“老师不是告训过他吗？！”伏羲闻言大惊。
“唉，此乃是天数。不只是大鹏，连六耳猕猴也与他们扯上因果。日后我们蓬莱一门却是要与西方教接下两段因果，日后只怕要插手那番劫难了！”吴传道叹息一声。
“如此，弟子之过！”伏羲躬身说道。
“无妨，到时候便让杨眉出手吧，我却是不能随便出手的，不然会引出很多的事！”吴传道说道。
“弟子惭愧！”伏羲叹声说道。
“对了，还有一事你需小心！”吴传道说道，“下一场量劫，我蓬莱门下怕是会深陷其中，你到时后不要过于在意他们，顺应天数，切莫违反天道法则！”
“弟子谨遵老师法旨！”伏羲答道。
“你该回你的洞府了！”吴传道说道，“如今墨明等人顺应你的请求已经镇守五方，杨眉已经听从我的旨意回到方丈，孔宣正在洪荒上求找他的机缘，三霄带着六耳猕猴在三仙岛上，此处只留大鹏跟我修炼，你既已证道，天定的道场在火云洞，你就回去吧！”
“是，老师！”伏羲躬身施礼罢，便起身走出问道殿驾云飞往火云洞不提。且说大鹏鸟飞出蓬莱岛接住玄冥，引入问道殿内。玄冥拜见吴传道后，坐于蒲团之上，将来意详说与吴传道，只求吴传道能够指点巫族该如何行事。
“此乃是天数，无妨，无妨！”吴传道闻言大笑，“人族兴盛乃是大势，只是此番第三任人皇引起两教相争，天道运转却是你们巫族此时要出世争一番机缘！”
“却不知是何机缘？！”玄冥闻言大喜。
“只是这机缘不是那么好得的！”吴传道说道，“此番乃是顺应天数，合该第十三个祖巫转世，与第三任人皇相争。若成，则你巫族能够兴盛一时，只是日后逃不了灭亡之劫；若败，则你巫族日后兴盛数年，却得人族气运相佑，保得巫族不落灭族之难。只是你们切莫插手，不然天数大乱，巫族之劫！”
“如此，我们不让第十三祖巫出世不就行了？！”玄冥说道。
“不可，此乃是天数如此，莫要违背天意！”吴传道说道，“那番征战，你巫族大巫除却风伯与雨伯，其他切莫参与其中，否则因果无穷！”
“如此多谢前辈指点！”玄冥谢礼道。
“你既已知晓此间原理，就回去吧！”吴传道说道。
“晚辈告退！”玄冥闻言躬身道别，走出问道殿驾云回到洞府不提。吴传道看着底下的大鹏鸟眉头微微一皱，伸出右手一点，便见一道光芒困住大鹏。
“老师？！”大鹏鸟顿时大惊。
“你且好生修炼，早日脱离此厄！”吴传道不理会底下挣扎的大鹏鸟，闭目养神去了。
却说洪荒上人族虽然免收饥饿之灾，奈何人族群集，多发病疾，此灾难无时无刻不在威胁着人族的生存。神农氏得知族人们不断的被病痛侵扰，甚为困恼。忽觉天数明晰，想来必是自己证道之机缘已至，于是神农决定亲自前去寻找使人脱离此灾之法，救命之方。
神农将部落之事安排好之后便出门向大山深处行去，忽见天空闪来一道青光，落于神农面前，却是一根藤鞭，神农面向八景宫之处拜了三拜，口称：“多谢老师！”遂起身继续向深山走去，一路之上但凡见到以前未曾见过的草木便用神鞭鞭打一下，看其有毒无毒，并将他们记录下来，等到晚上的时候便将那些毒草服下，检验其毒性的强烈，慢慢的神农发现各种毒药都有都有五行属性，有些厉害的毒药更是混含了数种五行之力，所以才毒性剧烈，神农察其寒、温、平、热之性，辨其君、臣、佐、使之义，慢慢的便可以用之解毒，还可以治病。
忽有一日，神农在石缝中找到一支开小黄花的藤状植物，其边散发寒气，少见生物，神农大奇之，遂用青鞭鞭打一下发现其中蕴含剧毒，想了片刻之后神农便把花和茎吃到肚子里以后，没有多久就感到肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样。神农大惊，立即查看周边是否有与之相克之草药，良久未得，此植物毒性甚重，周边难有克之之物。神农叹息一声，只道是天数如此，想及人族之灾尚未解决，自己却要身死如此，甚为叹息。忽见东方飞来一只青鸟衔一枚闪闪发光的药丸，落于神农口内，顺水而化入腹，将那草的毒性消散。片刻过后神农方才清醒过来，只觉神清气爽，低头看了一下自己的腹部，却见透明如清，此番却是神农研百草治病夺生死造化，该有一劫难。却是机缘深厚，得老子此以丹药，炼得万毒不侵之身，以便更好的尝之百草，以救万民。神农看着手中的那棵黄花草，心想这种草吃下去肚子钻心地痛，如同肠子断裂了一样，且记之曰断肠草。
渡过断肠之劫后，神农继续尝百草，将洪荒常见之物，不常见之物一一写进书中。神农在人族治病多年，研究无数尸体写下人体经脉穴道全图，在研究经脉穴位之时而且还把人体研究个透彻，也一并写在书上留于后人学习。神农写完药经后，开始研究药理为人族治病，由此神农一边为人族看病，一边研究治病之法写在药经之上。
神农在位研究医理花去百多年,终是写成一书，名为《神农百草经》，药经出世的那一天，本来平静的洪荒世界突显异象。洪荒世界所有花草树木，突然间充满了生机而蓬勃向上，洪荒天地间的灵气突然变得非常的浓郁。普通人族沐浴在这浓郁的灵气中，有伤病迅速恢复过来，没伤病的身体精力也都变得非常旺盛，而修道之人这是疯狂的吸收这浓郁的灵气用以增加修为，而仙人们则是感悟着天道突然的变化，许多大神通者，皆是心有所感，一起看向了陈都方向。
这时神农双手捧着两本书，举过头顶看着上天说道：“洪荒人族听令！吾乃共主神农氏！今著《神农本草经》，乃是吾十几年流历洪荒各地，尝遍百草之心得，可为人族治疗伤病，今借上苍之力传播于世，尔等当牢记，永传后世！”一时间天降功德金光笼罩神农，本草经内所著之草生植物接在金光中展现出来，接着金光散去，神农手上却只剩一本书，下半部却被天道收了去，只因神农所著本草经下半部有夺生死造化之能，不该现于世上，是故天道收去。神农见此只得长叹一声，将这药经上半部传授给人族，让人们知道万物的药性与作用。人族之内的一些人在神农那里学到不少医理，便开始学神农在人族四方走动，为人治病。至此人族疾病之灾便得解脱，神农氏因此修为直入准圣初期。证道之机不久便要来临，却是需要寻找下一任共主了···