城都联盟 118.若叶镇，吹起开始之风的城镇！
119.投手的菊草叶 120.赫拉克罗斯对抗大甲（小智收服赫拉克罗斯）
121.顿甲之谷122.咕咕跟迷惑森林123.美丽花的战斗之舞124.线球大搜索线125.布卢的华丽生活126.惊角鹿，幻影森林 127.好胜的菊草叶（小智收服菊草叶）
128.沼王和GS球129.芭瓢虫之笛130.幸福蛋的快乐护士131.喇叭芽之塔大危机 132.桔梗道馆，空中大战（小智得到飞翼徽章）
133.爱哭鬼玛力露134.暴走，尾立和波克比 135.再见了喷火龙，直到下一次重逢！（小智的喷火龙离队）
136.向日花怪会场大恐慌137.菊草叶不高兴了 138.毽子草飞跑了！大草原之战！
139.神秘超级英雄，天蝎人登场140.咩利羊和牧场的少女141.巨钳螳螂对抗赫拉克罗斯 142.收服火球鼠（小智收服火球鼠）
143.桧皮镇的呆呆兽之井 144.榛果球与圆柑果实，后山之战！（小刚收服榛果球）
145.桧皮道馆，森林的战斗场地（小智得到昆虫徽章）
146.黑暗森林，寻找大葱鸭 147.果然翁与神奇宝贝交换会（武藏的大舌头交换到果然翁，小智的肯泰罗归队，赫拉克罗斯离队）
148.杰尼龟队燃烧斗志！像火一样（小智的杰尼龟、肯泰罗离队）
149.好多乌波150.胖丁对抗布卢151.黑暗神奇宝贝，戴鲁比 152.小锯鳄是谁的？小智对抗小霞（小智收服小锯鳄，小霞的蚊香蝌蚪进化成蚊香蛙）
153.对抗盔甲鸟，钢翼154.小锯鳄，跳出爱的舞步 155.抓到漂亮的猫头夜鹰（小智收服猫头夜鹰）
156.圈圈熊吓死人157.麒麟奇，超能力神奇宝贝之村158.占卜大混战159.满金道馆，速度与力量 160.大.奶罐，复仇之战（小智得到正式徽章）
161.收讯塔的战斗，超越时空 162.捕虫大会在自然公园收服他！
163.胡说树在哪里？
164.古代神奇宝贝公园阿露福遗迹165.波波屋的传信波波 166.超音蝠之馆危险的迷宫（小刚的超音蝠进化大嘴蝠）
167.柯波朗对抗妙蛙种子格斗大对决168.丛林的三只温泉战斗169.金鱼王，钓鱼战斗 170.再见了六尾，神奇宝贝选美大赛（小刚的六尾离队）
171.壶壶对抗喇叭芽172.月精灵黑夜里的战斗173.安飘虫超越风之谷174.果然翁之村175.百变怪大师，与伊美蒂重逢176.喵喵跟布卢跟布卢皇177.阿利多斯，忍术战斗 178.展翅吧，阳阳玛，飞向明天的天空！
179.皮卡丘与皮丘180.毽子花，草系神奇宝贝的战斗181.黑鲁加跟波克比182.烧焦塔，小松登场 183.圆朱道馆，鬼斯战斗（小智得到魅影徽章）
184.伊布五姐妹，茶会大战斗185.黑暗鸦，被夺走的徽章186.铁炮鱼的天空187.熊宝宝的秘密188.冻僵的向日种子之迷189.挖这里，小山猪，寻找温泉190.急冻鸟VS胖丁，暴风雪之中191.风速狗与火之石192.土龙弟弟全都没了193.果然翁遇难了 194.小刚晕倒？危险的露营事件！
195.大力鳄抵抗水箭龟相扑大战斗（小智的猫头夜鹰本集离队后归队，卡比兽本集归队后离队）
196.与神奇宝贝讲话神奇宝贝的语言神奇宝贝的心情 197.大嘴蝠对假面女王武藏遗迹之战（小刚的大嘴蝠进化成叉字蝠）
198.图图犬的遗迹旭日中的光辉199.尼多力诺和尼多娜，小刚的玫瑰生活 200.再见了菊草叶，电气的迷宫（小智的菊草叶进化成月桂叶）
201.月桂叶到哪里去了？在药草园抓住它！（月桂叶学会泰山压顶）
202.天然雀的占卜预测未来的神秘203.神奇宝贝气球大赛越过暴风雨204.迷唇娃迷死人超级巨星喜欢神奇宝贝 205.踏浪追踪铁甲暴龙！湖之战！
206.变隐龙在哪里？看不见的神奇宝贝，大混乱207.讨厌水系神奇宝贝的乔伊小姐，小霞的愤怒208.圣母大.奶罐，沙漠的秘密209.光辉灯塔！浅葱市的战斗 210.湛蓝道馆，正面决斗，格斗大对决（小智得到打击徽章）
211.漩涡列岛，新的挑战！
212.波波与大波波，飞向未曾见过的天空！
213.向大海出发吧，灯笼鱼大游行 214.太阳珊瑚好朋友！黄岩岛的对决（小霞收服太阳珊瑚）
215.巨翅飞鱼跟沉船，神秘神奇宝贝的秘密 216.章鱼桶跟铁炮鱼！漩涡列岛大赛预赛！
217.漩涡列岛大赛，在水的运动场大战斗！
218.小智对抗小霞，漩涡列岛大赛最后的战斗！
219.保护地鼠的村子，陷阱大作战 220.银色之翼的传说，银岩岛的战斗！
221.神秘的神奇宝贝！X！
222.被抓走的洛奇亚！
223.与洛奇亚的约定 224.飞吧咕咕号！以浅葱市为目标！
225.浅葱市VS大钢蛇（小智得到钢铁徽章）
226.再见妙蛙种子！大木家后院大冒险！（小智的妙蛙种子离队）
227.太阳精灵与樱花！再次回到圆朱市！
228.水君与米那基！凤王的传说！
229.在神奇宝贝劲速赛中向前冲！（小智得到蛋）
230.名侦探君莎，蛋不见了，大解谜 231.蛋要孵化了（小智的蛋孵化成小小象）
232.火箭队跟信使鸟233.雾中的九尾234.巴尔郎与空手道王信彦235.天然鸟的大预言236.渡与红色暴鲤龙237.红色暴鲤龙的愤怒238.长毛猪与冬天的柳伯 239.卡吉道馆，冰之对战（小智得到冰之徽章）
240.美丽花VS霸王花！草原的和平 241.熔岩蜗牛，用火热的心来收服！
242.神奇宝贝魔法大变身243.闪电鸟跟水晶，湖的秘密244.双胞胎的宝宝丁对抗胖丁245.呆呆兽之悟，小智之悟 246.真假大木博士，神奇宝贝川柳对决！
247.皮宝宝跟皮皮跟流星 248.蚊香蛙的进化（小霞的蚊香蛙进化成牛蛙君）
249.竞技公园VS水箭龟、喷火龙、妙蛙花250.牛蛙君跟拉拉队251.冰之洞窟252.小桩与迷你龙253.烟墨道馆的龙之牙 254.快龙！逆鳞立起！（小智的喷火龙归队）
255.烟墨道馆！最后的徽章（卡比兽归队，喷火龙离队，小智得到升龙徽章）
256.道馆徽章与小果然翁257.龙宫道馆，水中之战 258.乘龙之歌（小智与乘龙重逢，并被托付一颗蛋）
259.保护神秘蛋！在暴风雨中诞生新生命（蛋孵化成由基拉）
260.炎帝与温泉的伙伴（小刚的榛果球进化成佛烈托斯）
261.河马王，王者的信物！
262.奈奈与电击怪（小次郎的大食花交换到口呆花，口呆花进化成大食花，大食花离队）
263.加油吧！由基拉264.不可思议的未知图腾 265.班吉拉与由基拉（由基拉离队）
266.狃拉与圣火 267.白银大会！与小茂再度重逢！
268.联盟预赛！火岩鼠火焰战斗！
269.大菊花VS妙蛙种子草系神奇宝贝的尊严 270.决胜淘汰赛全体战斗6VS6
271.劲敌对决！水箭龟VS喷火龙！
272.遭遇火焰鸡！与叶越的对决！
273.全力战斗之后!!各人的道路!！（小智止步白银大会8强）
274.再见和启程（小刚，小霞离队，小智的除皮卡丘以外的神奇宝贝都寄放在大木研究所）
275.和皮卡丘的分离